Prelaz od reptila do ptica je veoma značajna tema u raspravama između biologa i kreacionista. Razlog za ovo je Archaeopteryx, prelazni fosil između reptila i ptica otkriven još sredinom devetnaestog veka, i veoma poznat u javnosti. Pošto se veoma očigledno radi o prelaznom obliku, ptici sa mnogo reptilskih osobina, kreacionisti su se decenijama upinjali da umanje njegov značaj i da diskredituju njegov status prelazne forme. U svom tom naporu, nisu primetili da je prošlo više od sto godina od kada je ovaj fosil nađen, i nalaženje desetina drugih fosila u ovom prelaznom periodu.
Prve teorije o nastanku ptica od dinosaurusa su se zasnivale na činjenici da osnovna građa ptica prati građu diapsidnih reptila. Archaeopteryx je dodatno osnažio ovu vezu, pokazujući značajniju količinu zajedničkih osobina sa reptilima (u daljem tekstu ćemo ovo objasniti sa više detalja).
Tokom sledećih nekoliko decenija, pojavila se ogromna količina dokaza koji su ukazivali da su ptice ili veoma srodne, ili direktni potomci grupe dinosaurusa poznate kao teropodi. Kostur teropoda prati iste opšte linije kao i ptičji, sa mnogim karakteristikama koje danas vidimo isključivo kod ptica: stopala sa tri prsta okrenuta unapred i jednim unazad, izdužene i tanke kosti udova, itd. Neki teropodi su čak imali šuplje kosti radi manje telesne težine, što je tipično ptičja osobina; dok pticama ovo pomaže pri letenju, teropodima su šuplje kosti pomagale u bržem trčanju.
Compsognathus, mali tetrapod veličine kokoške, je dobar primer teropoda koji je verovatno srodan precima ptica. Pored svih gorenavedenih ptičjih osobina, Compsognathus je takođe imao pticolike ključne kosti i građu grudne kosti. Ali, kao što možete videti na slici, dalek je još put do ptice...

O tom dugačkom putu se dugo skoro ništa nije znalo; ali onda je došlo do otkrića serije fosila Kini i Juti, i fosila koji su izazvali pravu eksploziju u ovoj oblasti paleontologije.
Ključni fosil je Sinosauropteryx, teropodni dinosaurus sličan Compsognathusu. Ovaj fosil je nađen u fantastičnom stanju: osim smrvljene glave, sve kosti su prisutne, zajedno sa otiscima kože, unutrašnjih organa, i čak fosilizovanim ostacima zadnjeg obroka! Ono što je izazvalo najviše uzbuđenja, međutim, je rano perje koje prekriva Sinosauropteryxova leđa..
Važno je shvatiti da ovo nije moderno perje: radi se pravim tubularnim filamentima, daleko prostijim od strukture modernog pera. Perje nije nastalo u jednom koraku, već je evoluiralo kroz seriju formi, čiju shemu možete da vidite na donjoj slici; pseudo-perje Sinosauropteryxa je označeno sa A.
Životinja je inače bila dinosaurske građe, sličan drugim teropodima: telo je prilagođeno brzom trčanju, naglim skretanjima, rep je dugačak i masivan, vilica je reptilska, sa reptilskim (mesožderskim) zubima.

Ali Sinosauropteryx jje samo jedan od mnogih pernatih dinosaurusa koji su nađeni u zadnjih nekoliko godina. Većina ovih reptila nije u liniji predaka današnjih ptica: pernati dinosaurusi su se razvili u nekoliko različitih pravaca. Beipaiosaurus, dva metra dugačak dinosaurus sa leđima i udovima prekrivenim primitivnim perjem, je predstavnik neobične grupe poznate kao Terizinosaurusi. Perje je razvijenije nego kod Sinosauropteryxa, pošto se osim filamenata javlja grananje na samom kraju proto-pera, slično onome koje vidimo na krajevima današnjeg perja (oblik B na gornjoj shemi). Pripadnik iste grupe, Falcarius utahensis, predstavlja unutar ove grupe prelaznu vrstu od mesoždera ka biljožderima.

Shema evolucije ptica postaje veoma kompleksna posle ove tačke. Razni pernati dinosaurusi se razdvajaju na više različitih grupa, od kojih neke zadržavaju razne primitivne osobine, dok druge razvijaju razne nove karakteristike.
Sinornithosaurus jje dobar primer razvoja perja (poseduje perje slično shemama B i C na slici). Skelet postaje malo više ptičji, ali je još uvek najvećim delom dinosaurski. Ova vrsta se smatra pretkom deinonychosaurusa, poznatijih kao “raptori”, i predstavlja značajan dokaz da su svi raptori (uključujući tu i čuvenog Velociraptora) bili pernati.
Potrebni su veoma specifični uslovi da bi perje bilo fosilozovano, iz kog razloga su fosili perja veoma retki. Mnogi dinosaurusi za koje danas znamo da su bili pernati su bili prvo pronađeni u iskopinama u kojima se perje nije očuvalo, i smatrani su potpuno običnim reptilima.
Spektakularan primer ovoga se desio u oktobru 2004, kada su Kineski naučnici iskopali ostatke dinosaurusa Dilong paradoxus, najstarijeg poznatog tiranosaurida...sa jasnim otiscima primitivnog perja. Ovo znači da je čuveni Tyrannosaurus rex, ogromni mesožder koji je simbol dinosaurusa za većinu ljudi, najverovatnije takođe bio pernat!
Caudipteryx pokazuje još razvijenija pera, kombinaciju oblika C, D i E sa naše sheme. Pera E tipa su skoro potpuno moderna, ali su simetrična po dužini. Ova simetričnost sprečava pravilan tok vazduha, tako da ptica sa njima ne može da leti. Za let su potrebna asimetrična pera, koja se pojavljuju tek kod Microraptora.
Microraptor nije u liniji predaka današnjih ptica: radi se o vrsti koja se odvojila sa strane, i čiji potomci su kasnije izumrli. Ono što je fantastično kod Microraptora je prisustvo perja adaptiranog za let (tip F)...na sve četiri noge. Ovde se već približavamo prvim pticama, ali su kandže na “rukama” i dalje prilagođene za hvatanje. No, jedna slika vredi hiljadu reči:

Aerodinamičke analize pokazuju da je Microraptor najverovatnije jedrio sa grane na granu šireći sva četiri “krila”. Neki paleontolozi smatraju da je moguće da su gornja krila korišćena za pravi let, dok su donja služila kao stabilizatori. Ključne kosti su spojene u fulkrum (kost koja je u narodu poznata kao “jadac”), što omogućava bolju adaptaciju za let.
Luis Ray, umetnik-paleontolog, je naslikao nekoliko fantastičnih, mada pomalo spekulativnih, slika o tome kako su ove proto-ptice izgledale uživo. Posebno je zanimljiva serija slika o Kineskim nalazima koju možete videti ovde. Ali ne treba propustiti ni odličnu rekonstrukciju Sinosauropteryxa, u pozi u kojoj je nađen najkompletniji fosil.
Sledi Protarchaeopteryx, koji je skoro identičan svom malo mlađem i mnogo poznatijom rođaku, Archaeopteryxu, uz par značajnih razlika. Protarchaeopteryx još uvek ima simetrično perje, i nije mogao da leti. Radi se o još jednom pernatom srodniku ‘raptora, koji je lovio plen trčeći za njime. Tek ovde, nakon cele prethodne priče (a ne treba zaboraviti da je u gornjem tekstu pomenuta samo jedna četvrtina nađenih pernatih dinosaurusa), dolazimo do Archaeopteryxa, za koga toliko ljudi misli da je jedina poznata veza između dinosaurusa i ptica. Kod ove vrste su prisutna krila sa potpuno razvijenim perjem, i fulkrum je potpuno stopljen i snažan. Osim ovoga, ostatak kostura (lobanja, zubi, kičma, rebra i pelvis) je potpuno reptilski; ako bi neko skinuo krila sa skeleta, svaki morfolog bi identifikovao ostatak kao reptila. Posebno je važna grudna kost, koja kod ptica ima tipičan “izbačen” oblik (za vezivanje masivnih grudnih mišića koji pokreću krila tokom leta); kod Archaeopteryxa je ona ravna, potpuno reptilska. Na slici možete videti i fosil Confuciusornisa, ptice bliske Archaeopteryxu koja poseduje prvi pravi kljun...

Nakon ove tačke, ptice se razilaze na dve velike grupe, Euornithes i Enantiornithes (ova grupa izumire istovremeno kada i dinosaurusi), i razvijaju dalje karakteristike modernih ptica korak po korak. Dalji razvoj ptica, sa stotinama prelaznih fosila, prevazilazi granice ovog teksta.
Mada smo uglavnom govorili o samo par izolovanih osobina ptica, evolucioni put koji je opisan ovde se može videti u svakom aspektu ptičje građe. Ogroman broj nezavisnih dokaza iz drugih disciplina nauke potvrđuje zaključke izvedene na osnovu fosilnog zapisa. Genetske analize pokazuju da su geni ptica najsličniji današnjim krokodilima, zatim vodozemcima, pa tek onda sisarima. Molekularni biolozi su takođe pokazali da ptice (eksperiment je izveden na kokoškama) i dalje nose ceo set gena potreban za rast zuba: mala promena u DNK kodu koja reaktivira te gene, i legu se pilići sa tipično reptilskim zubima (u rasporedu identičnom onome koga vidimo kod Velociraptora i drugih deinonikosaurusa.