Prelaz između vodozemaca i gmizavaca je komplikovan: paralelno se dogadja razvoj osobina koje su tipične za moderne vodozemce, osobina koje su tipične za gmizavce, i osobina koje razdvajaju različite grupe gmizavaca. Iz ovog razloga, prvo ćemo izložiti tri fosila koji u širokim linijama prikazuju razvoj gmizavaca, pa zatim prodiskutovati značaj specifičnih promena.
Sekvencu počinjemo sa Proterogyrinusom, koji je klasifikovan kao labirontodont. Tipična vodozemačka lobanja i zubi, veza između lobanje i kičme je još uvek riblja. Vertebre (kosti kičme) su međutim reptilske, kao i pelvis. Prsti imaju raspored kostiju 2-3-4-5-3, što je skoro (ali ne sasvim) ustaljeni broj koga vidimo kod gmizavaca. Članci na prednjim i zadnjim udovima su tipično amfibijski.
Sledeći korak vidimo u vrstama kao što je Limnoscelis. Ovde se javlja više reptilska struktura lobanje, vilični mišići se pomeraju bliže poziciji koju vidimo kod gmizavaca.
Konačno, tu je Hylonomus, veoma rani kotilosaurus (rani, primitivni gmizavac). Mada je najveći deo skeleta reptilski, lobanja još uvek sadrži mnoge vodozemačke karakteristike.
Ovo su samo tri od nekoliko desetina poznatih vrsta u ovoj tranziciji. Sliku komplikuje činjenica da su reptili počeli da se razdvajaju na nekoliko grupa još u ovom najranijem periodu, i da je ta podela sama po sebi prilično komplikovana. Pogledajmo shemu, zajedno sa par ključnih osobina.

Amfibijski preci prvih gmizavaca su imali relativno slabu lobanju. Dve grupe reptila su evoluirale dva različita rešenja. Kod prve grupe, takozvanih anapsida, kost koja povezuje donju vilicu sa lobanjom (quadrate) se pomerila nadole i unapred. Kod druge grupe, takozvanih sinapsida, ista kost se pomerila uvis i unazad. Ime ovih grupa (anapsid, sinapsid) potiče od broja i položaja otvora (fenestrae) u lobanji.
O daljoj evoluciji sinapsida u sisare će biti reči u sledećem poglavlju ovog teksta. Pogledajmo za sada prvo šta se desilo sa anapsidima.
Čak pre nego što su se njihove reptilske osobine potpuno ustalile, anapsidi su se podelili na dve grupe. Sa jedne strane su se odvojili diapsidi, a sa druge preci današnjih kornjača.
Evolucija kornjača nije dovoljno dobro poznata. Vrste kao što je Scutosaurus pokazuju promene na lobanji koje su slične kasnijim kornjačama. Sledeća vrsta Deltavjatia vjatkensis, ima lobanju i udove veoma slične kornjačama, a rebra i vertebre su prošireni tako da čine primitivan oklop po dužini kičme. Nakon ovoga, nemamo nijedan dovoljno kompletan fosil sve do Proganochelysa, primitivne kornjače koja je imala oklop i tipičnu kljunastu lobanju koju vidimo kod kornjača, ali takođe i reptilske ključne kosti, udove i vrat koji nisu mogli da se uvuku ispod oklopa, i reptilske zube.

Evolucija diapsida je mnogo bolje dokumentovana. Grupu poznate kao Proteotiridide (čijeg predstavnika, Hylonomusa, smo već videli u gornjem tekstu) nasleđuje mnogo veći Petrolacosaurus. Dugačak oko 40cm, ovaj pra-gušter poseduje dve fenestre (tipična oznaka diapsida), ali su zubi i opšta građa tela praktično identični Hylonomusu. Još jedan korak u razvoju možemo da vidimo kod Apsisaurusa, kod koga dolazi do promene oblika i strukture zuba do onih koje vidimo kod reptila.
Povećanje veličine i još “gušterolikije” osobine vidimo kod sledećeg predstavnika diapsida, Claudiosaurusa. Vrlo blizu “pravim reptilima” kakve bi smo prepoznali danas, kod Claudiosaurusa vidimo samo par preostalih vodozemačkih osobina (sternum sačinjen od hrskavice umesto od kosti, i nerazvijenu donju kičmu). Dužina je povećana na oko 60cm. Protorosaurus najverovatnije nije u direktnoj liniji razvitka, ali je bliski rođak vrsta koje su neposredno usledile; ova vrsta nije klasifikovana kao arkosaur samo zbog par veoma sitnih razlika u građi stopala i članaka.
Konačno, dolazimo do arhosaura, primitivnih dinosaurusa čiji su današnji direktni potomci krokodili, a indirektni potomci (preko dinosaurusa) ptice. Na slici je prvi poznati arhosaur, sa 1.5m dužine već veoma sličan krokodilu, Proterosuchus.

Dalji razvoj dinosaurusa postaje previše komplikovana tema da bi smo je mogli obraditi u okviru ovog teksta. Vredi pomenuti da se radi o jednom od najbolje dokumentovanih prelaznih perioda u istoriji, sa stotinama prelaznih fosila (recimo, u slučaju prelaza između Lambeosaurusa i Hypacrosaurusa, postoji preko pedeset fosila prelaznih formi samo između ove dve vrste!). Evolucija dinosaurusa je takođe verovatno najbolje obrađen deo evolucije na Internetu, sa masom sajtova koji se isključivo bave ovom temom.