Jedna od zanimljivih mogućnosti koja je otvorena na osnovu ovog genoma je da se ljudi jesu ukrštali sa neandertalcima (ovo je na osnovu prethodnih podataka izgledalo malo verovatno). Po preliminarnoj analizi, ako se ovo desilo, bilo je veoma, veoma retko - i desilo se među grupom ljudi koja je napustila Afriku pre 70,000 godina. Populacije modernih ljudi koje su bile izolovane u Africi ne nose ove "neandertalske" gene.
Problem sa ovom analizom je što je ona statistička: neandertalski genom je veoma, veoma sličan genomu modernih ljudi, i teško je (samo jedan primer iz mnogih veoma tehničkih) razlikovati gene koji su specifično nastali među neandertalcima od retkih starih gena koji su možda bili prisutni u obe podvrste ali u međuvremenu izumrli među modernim ljudima. Dodatni problem je grubost analize - DNK je bila veoma degradirana, što smanjuje "pokrivenost" određenih delova genoma.
No, sve ovo su rešivi problemi. Dalji rad će razjasniti ove stvari, pogotovo kada se završi još genoma preistorijskih ljudi (za sada imamo samo jedan) - to je poređenje koje je relevantnije nego poređenje modernih ljudi sa neandertalcima.
Za sada, tekst o evoluciji čoveka je dopunjen sa malim opisom ovog nalaza.